Softwarewerkzeuge der Bioinformatik WS 19/20

Dozent:

Prof. Dr. Volkhard Helms

Tutoren:

PD Dr. Michael Hutter, Daria Gaidar, Markus Hollander

Vorlesungszeit:

Donnerstag, 10:00 Uhr – 12:00 Uhr, E2 1, Raum 007, Beginn: 17.10.19

Übungen:

Donnerstag, 14:00 Uhr – 16:00 Uhr, E2 1, CIP-Pool 003, Beginn: 17.10.2019

Klausur:

Klausurtermin: tba

Voraussetzungen:

Einfache Grundkenntnisse in Molekularbiologie (Protein- sowie DNA-Sequenzen und Proteinstrukturen). Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie “Bioinformatik I” oder “Bioinformatik II” sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als “Einführung in die Bioinformatik” dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte:

Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Analyse und Vergleich von Protein- und Genomsequenzen
  • Proteinmodellierung/-struktur
  • zelluläre Netzwerke

Die Studierenden lernen “interaktiv” im Bioinformatik-CIP-Pool: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Bioconductor und Cytoscape. Die Tools werden in Übungen vorgestellt.

Im Rahmen der Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte zugeteilt, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools in Teams bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren.

Voraussetzungen für den “Schein”:

Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4,0 erreicht wurde. Die Klausur findet n.V. gegen Semesterende statt. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten. Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden. Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauf folgenden Semesters statt.

Leistungspunkte/Credits:

9 CP (2 V + 2 P)

Language

This course is taught in German language.

Vorlesungen:

1. Vorlesung, 17.10.2019 pdf ppt
2. Vorlesung, 24.10.2019 pdf ppt
3. Vorlesung, 31.10.2019 pdf ppt  sequences1.fastasequences2.fasta
4. Vorlesung, 07.11.2019 pdf ppt FOSB_motifsProjekt 1
5. Vorlesung, 14.11.2019 pdf ppt  tutorial V5
keine Vorlesung am 21.11.2019 keine Übung am 21.11.
6. Vorlesung, 28.11.2019 tutorial V6
7. Vorlesung, 05.12.2019
8. Vorlesung, 12.12.2019
9. Vorlesung, 19.12.2019
10. Vorlesung, 09.01.2020
11. Vorlesung, 16.01.2020
12. Vorlesung, 23.01.2020
13. Vorlesung, 30.01.2020
14. Vorlesung, 06.02.2020