Die Enzyme der Cytochrom P450 sind eine Superfamilie von HEM-haltigen Proteinen, die sowohl die Biosynthese von Stoffen, als auch deren Abbau berwerkstelligen.

CYP109D1 von Sorangium cellulosum kann Terpene stereoselektiv hydroxylieren, und ist damit von biotechnologischem Interesse. Allerdings gibt es noch keine Kristallstruktur. Deshalb wollen wir ein Homologie-Modell erstellen.

Die Suche nach "CYP109D1 Sorgangium cellulosum" in UniProtKB/Protein Knowledgebase liefert uns den zugehörigen accession code. Nun suchen wir ob es im SWISS-Model Repository schon ein fertiges Homologie-Modell gibt. Dazu brauchen Sie nur den accession code eingeben. Speichern Sie das erzeugte Modell (.pdb Datei) und das Templat. Diese legen Sie in ihrem Protein viewer über einander. Geben Sie den beiden Proteinen unterschiedliche Farben und wählen Sie als Darstellungsmethode z.B. "Cartoon".

Fragen:
Von welchem Organismus stammt die Templat Struktur?
Folgen Sie dazu dem Link zur RCSB
An welchen Stellen treten die grössten strukturellen Abweichungen auf?
Vergleichen Sie diese Stellen mit dem Sequenz-Alignment.
Welche Koordinationszahl hat das Eisenatom der Hämgruppe?
Welcher Ligand könnte die freie Koordinationsstelle am Eisen einnehmen?