Auf den folgenden Seiten finden Sie das Material und die Übungsaufgaben
zu den Softwarewerkzeugen der Bioinformatik. Dieser Abschnitt erfordert selbständiges
bearbeiten.
Inhalt:
Visualisierung von Proteinen und Ligandenwechselwirkungen mit VMD
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Einführung in das Visualisierungsprogramm VMD
Homology-Modelling
Punktmutationen, Deletionen, Insertionen, Bewertung von modellierten Strukturen
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Punktmutation in cAPK (geringer Schwierigkeitsgrad)
Nützliche Links:
UniProtKB protein knowledge base
Swiss-Model
"a fully automated protein structure homology-modeling server"
Vorgehensweise zu den Projekten:
Lesen Sie sich zuerst die Aufgabenstellung durch.
Ermitteln Sie die gesuchte(n) accession number(s) des/der Protein(s/e).
Schauen Sie nach, ob es zu der Sequenz schon ein Homologie-Modell im
Repository
von Swiss-Model gibt.
Hier geben Sie entweder die accession number oder die Sequenz selbst ein.
Falls kein brauchbares Homologie-Modell vorhanden ist (z.B. zu schlechte Auflösung,
oder zu niedrige Sequenzidentität), Suchen Sie über die
Template Identification
eine bessere Vorlage.
In diesem Fall müssen Sie das entsprechende Modell dann im
Workspace von SWISS-Model generieren lassen.
Erläutern Sie die Gründe für Ihre Templat-Wahl.