Softwarewerkzeuge der Bioinformatik

Auf den folgenden Seiten finden Sie das Material und die Übungsaufgaben zu den Softwarewerkzeugen der Bioinformatik. Dieser Abschnitt erfordert selbständiges bearbeiten.
Inhalt:

Visualisierung von Proteinen und Ligandenwechselwirkungen mit VMD

  1. Einführung in das Visualisierungsprogramm VMD

Homology-Modelling

Punktmutationen, Deletionen, Insertionen, Bewertung von modellierten Strukturen
  1. Punktmutation in cAPK (geringer Schwierigkeitsgrad)

  2. Nützliche Links:

    UniProtKB protein knowledge base
    Swiss-Model "a fully automated protein structure homology-modeling server"

    Vorgehensweise zu den Projekten:

    Lesen Sie sich zuerst die Aufgabenstellung durch.
    Ermitteln Sie die gesuchte(n) accession number(s) des/der Protein(s/e).
    Schauen Sie nach, ob es zu der Sequenz schon ein Homologie-Modell im Repository von Swiss-Model gibt.
    Hier geben Sie entweder die accession number oder die Sequenz selbst ein.
    Falls kein brauchbares Homologie-Modell vorhanden ist (z.B. zu schlechte Auflösung,
    oder zu niedrige Sequenzidentität), Suchen Sie über die Template Identification eine bessere Vorlage.
    In diesem Fall müssen Sie das entsprechende Modell dann im Workspace von SWISS-Model generieren lassen.
    Erläutern Sie die Gründe für Ihre Templat-Wahl.