Zweck dieser Übung ist das Erkennen von Tertiärstrukturelementen.

Jmol-Applet aktivieren. Kombination von Sekundärstrukturelementen. Die Struktur der Triose Phosphate Isomerase (TIM) setzt sich aus hochgeordneten Helices und Faltblättern zusammen. Frage: Verfolgen sie die Sequenz von N zum C-terminalen Ende. Gibt es irgendwelche Regelmässigkeiten?

Jmol-Applet aktivieren. Beispiel von anti-parallelen beta-Faltblättern. Die Tertiärstruktur des Enzyms Aspartate Transcarbamylase ist dargestellt. Die beta-Faltblätter dieses Proteins sind alle anti-parallel. Frage: Numerieren Sie die Sekundärstrukturelemente beginnend vom N-Termius. Welche beta-Stränge sind den beta-Faltblättern benachbart?

Jmol-Applet aktivieren. Beispiel von parallelen beta-Strängen in Flavodoxin. Die beta-Stränge in diesem Redox-Protein sind alle parallel zueinander. Frage: Numerieren Sie die Sekundärstrukturelemente beginnend vom N-Termius. Welche beta-Stränge sind den beta-Faltblättern benachbart?

Jmol-Applet aktivieren. Beispiel eines (anti-)parallelen beta-Fasses in Plastocyanin. Die beta-Faltblätter dieses Elektrontransportproteins sind in der Form eines Fasses organisiert. Warum nennt man dies eine barrel structure? Oder würde half barrel zutreffender sein? Fragen: Numerieren Sie die Sekundärstrukturelemente beginnend vom N-Termius. Welche beta-Stränge sind den beta-Faltblättern benachbart? Gibt es Regelmässigkeiten?

Jmol-Applet aktivieren. Beispiel eines Helix-Loop-Helix Motifs in Calmodulin. Dieses Protein bindet Calciumionen. Das Helix-Loop-Helix Motif ist sehr verbreitet in allen Arten von Proteinen. Frage: Finden Sie die Helix-Loop-Helix Elemente und beschreiben Sie diese. Versuchen Sie zu vorhersagen, welche Art von Aminosäuren benötigt werden um Calium zu binden. Können Sie diese in der Calmodulin Struktur finden?

Jmol-Applet aktivieren. Ein beta-hairpin ist das einfachste Motif, das beta-strands enthät: Zwei benachbarte antiparallele beta-strands werden durch einen loop verbunden. Das beta-hairpin Motif dieses Moleküs taucht häufig in allen Arten von Proteinen auf. Hier ist die Tertiärstruktur des Schlangengiftes Erabutoxin gezeigt. Frage: Finden und beschreiben Sie das beta-hairpin Element.

Jmol-Applet aktivieren. Beispiel des helix-bundle Motifs in Myohemerythrin. Dieses Protein bindet Sauerstoff. Das helix-bundle Motif ist eine übliche Anordnung in Proteinen. Aufgabe: Beschreiben Sie die Kontakte zwischen den Sekundärstrukturelementen.

Jmol-Applet aktivieren. Lysozyme. Ein typisches Protein mit zwei Domänen bei dem das katalytische Zentrum (active site) in einer Spalte liegt. Aufgaben: Wie sind die beiden Domänen miteinander verbunden?

Jmol-Applet aktivieren. Grün fluoreszierendes Protein (GFP) Green fluorescent protein. Dieses Protein generiert seiben eigenen Co-Faktor selbst (aus Tyrosin 66). Aufgaben: Finden Sie Ser 65, Tyr66 und Gly67 in der Abbildung. Wie sieht die lokale Sequenz aus (Tri-Peptide mit Tyr66 in der Mitte) Was ist der Unterschied gegenüber einem normalen Protein, dass dieses bei Belichtung fluoresziert? Zeichnen Sie die Strukturformel im Bereich 65-67.