Softwarewerkzeuge der Bioinformatik

Überblick

Semester
WS 2022/23
Typ
Vorlesung
Sprache
Deutsch (German)
Punkte
9 CP
Vorlesung

Donnerstag,
10:15 – 11:45 Uhr,
Gebäude E2.1 Raum 007

Übungen

Donnerstag,
14:15 – 15:45 Uhr,
Gebäude E2.1 CIP-Pool
und online (MS Teams)

Klausur
wird noch bekanntgegeben
Nachklausur
wird noch bekanntgegeben

Registrierung

Aus organisatorischen Gründen bitten wir um Anmeldung zur Vorlesung bis zum 17. Oktober 2022 (Namen, Vorname, Matrikelnummer, Studiengang)  per E-Mail an Kerstin Gronow-Pudelek.

Zusätzlich besorgen Sie sich bitte eine Kennung für die Computer im CIP-Pool, damit Sie diese während der Übungen benutzen können: https://it.cs.uni-saarland.de/students/accounts. Studierende außerhalb des Studiengangs Bioinformatik wenden sich bitte per E-Mail an Kerstin Gronow-Pudelek.

Voraussetzung

Einfache Grundkenntnisse in Molekularbiologie (Protein- sowie DNA-Sequenzen und Proteinstrukturen). Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie “Bioinformatik I” oder “Bioinformatik II” sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als “Einführung in die Bioinformatik” dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte

Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Analyse und Vergleich von Protein- und Genomsequenzen
  • Proteinmodellierung/-struktur
  • zelluläre Netzwerke
  • Prozessierung von biologischen Hochdurchsatzdaten, maschinelles Lernen

Die Studierenden lernen “interaktiv” im Tutorial: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie BLASTCLUSTALWVMDSwiss ModelBioconductor  und Cytoscape. Die Tools werden in den Übungen vorgestellt.

Im Rahmen der Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte zugeteilt, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools in Teams bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren.

Klausur

Sofern die Corona-Regelungen dies ermöglichen, wird zum Semesterende eine schriftliche Klausur angeboten. Studierende mit medizinischem Attest, dass sie nicht an Präsenzprüfungen teilnehmen können, können stattdessen eine mündliche Prüfung ablegen. Der Ort und die Zeit der Nachklausur werden zu gegebener Zeit bekanntgegeben.

Eine Anmeldung im LSF (Bioinformatiker und Biotechnologen/neue PO) oder per E-Mail an Kerstin Gronow-Pudelek (Biotechnologen/alte PO) bis sieben Tage vor dem Prüfungstermin ist verpflichtend für die Teilnahme an der Prüfung.

Voraussetzungen für den “Schein”

Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4,0 erreicht wurde. Die Klausur findet n.V. gegen Semesterende statt. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten.

Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauf folgenden Semesters statt.

Vorlesungen

Die Vorlesungen finden Donnerstags zwischen 10:15 und 11:45 Uhr in Präsenz im Gebäude E2.1 Raum 007 statt. Die Vorlesungsfolien werden in der Microsoft Teams Gruppe im Kanal “General” unter “Files” hochgeladen.

Vorlesung 1
Do., 27. Oktober
Vorlesung 2
Do., 3. November
Vorlesung 3
Do., 10. November
Vorlesung 4
Do., 17. November
Vorlesung 5
Do., 24. November
Vorlesung 6
Do., 1. Dezember
Vorlesung 7
Do., 8. Dezember
Vorlesung 8
Do., 15. Dezember
Vorlesung 9
Do., 22. Dezember
Vorlesung 10
Do., 5. Januar
Vorlesung 11
Do., 12. Januar
Vorlesung 12
Do., 19. Januar
Vorlesung 13
Do., 26. Januar
Vorlesung 14
Do., 2. Februar
Vorlesung 15
Do., 9. Februar
Klausur
wird noch bekanntgegeben
Nachklausur
wird noch bekanntgegeben

Übungen

Die Übungen finden Donnerstags zwischen 14:15 und 15:45 Uhr voraussichtlich in Gebäude E2.1 im CIP-Pool sowie online in Microsoft Teams statt.

Übung 1
Do., 27. Oktober
Übung 2
Do., 3. November
Übung 3
Do., 10. November
Übung 4
Übung 5
Do., 24. November
Übung 6
Do., 1. Dezember
Übung 7
Do., 8. Dezember
Übung 8
Do., 15. Dezember
Übung 9
Do., 5. Januar
Übung 10
Do., 12. Januar

Projekte

Für jedes Projekt müssen Sie einen Abschlussbericht anfertigen. Die Richtlinien für diese Abschlussberichte haben wir in der Projektanleitung (English) für Sie zusammengefasst.

Projekt 1
Tutor
Markus Hollander
Ausgabe
Do., 17. November
Abgabe
Do., 8. Dezember
Projekt 2
Ausgabe
Do., 15. Dezember
Abgabe
Do., 12. Januar
Projekt 3
Tutor
Andreas Denger
Ausgabe
wird noch bekanntgegeben
Abgabe
wird noch bekanntgegeben