Softwarewerkzeuge der Bioinformatik WS 18/19

Vorlesungszeit:

Donnerstag, 10:00 Uhr – 12:00 Uhr, E2 1, Raum 007, Beginn: 18.10.18

Übungen:

Donnerstag, 14:00 Uhr – 16:00 Uhr, E2 1, CIP-Pool 003, Beginn: 18.10.18

Klausur:

Klausurtermin: Dienstag, 12.02.2019, 10:00 Uhr – 12:00 Uhr, Gebäude E1 3, HS 001

Klausurergebnisse: Die Noten werden per E-Mail bekanntgegeben.

Die Notenskala finden Sie hier.

Klausureinsicht: montags bis donnerstags, 9:00 Uhr bis 14:00, E2 1, Raum 314

Die Nachklausur findet am Freitag, d. 12.04.2019 um 14:00 Uhr in E2 1 Raum 007 statt:

Ergebnisse der Nachklausur und Gesamtnoten

Voraussetzungen:

Einfache Grundkenntnisse in Molekularbiologie (Protein- sowie DNA-Sequenzen und Proteinstrukturen). Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie “Bioinformatik I” oder “Bioinformatik II” sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als “Einführung in die Bioinformatik” dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte:

Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Analyse und Vergleich von Protein- und Genomsequenzen
  • Proteinmodellierung/-struktur
  • zelluläre Netzwerke

Die Studierenden lernen “interaktiv” im Bioinformatik-CIP-Pool: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Bioconductor, Virtual Cell und Cytoscape. Die Tools werden in Übungen vorgestellt.

Im Rahmen der Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte zugeteilt, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools in Teams bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren.

Voraussetzungen für den “Schein”:

Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4,0 erreicht wurde. Die Klausur findet n.V. gegen Semesterende statt. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten.

Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauf folgenden Semesters statt.

Leistungspunkte/Credits:

9 CP (2 V + 2 P)

Language

This course is taught in German language.

Vorlesungen:

1. Vorlesung, 18.10.2018 pdf ppt
2. Vorlesung, 25.10.2018 pdf ppt
3. Vorlesung, 08.11.2018 pdf ppt
4. Vorlesung, 15.11.2018 pdf ppt

 Projekt 1      Sequenzen

 Anleitung Projektbericht

5. Vorlesung, 22.11.2018 pdf ppt
6. Vorlesung, 29.11.2018 pdf ppt
7. Vorlesung, 06.12.2018 pdf ppt Beispielprojekt mit Musterlösung
13.12.2018: keine Vorlesung Die Übung findet von 10 Uhr – 12 Uhr statt.
8. Vorlesung, 20.12.2018 pdf ppt
9. Vorlesung, 10.01.2019 pdf ppt  Data for Tutorial 8
17.01.2019  Vorlesung und Übung fallen aus!
10. Vorlesung, 24.01.2019 pdf ppt  Tutorial 9        Projekt 3

Abgabetermin: 21.02.2019; Sprache: DE oder EN

11. Vorlesung, 31.01.2019 pdf ppt
12. Vorlesung, 07.02.2019 pdf ppt  Die Übung fällt aus!