Softwarewerkzeuge der Bioinformatik WS 17/18

Vorlesungszeit:

Donnerstag, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr, E2 1, Raum 007, Beginn: 19.10.17

Übungen:

Donnerstag, 14:00 Uhr - 16:00 Uhr, E2 1, CIP-Pool 003, Beginn: 19.10.17

Klausur:

Klausurtermin: Donnerstag, 15.02.2018, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr, Gebäude E2 1, Raum 007

Hier finden Sie die Ergebnisse der Klausur vom 15.02.2018.

Die Nachklausur findet am Freitag, 13.04.2018, um 15:00 Uhr in E2 1, Raum 007 statt.

Anmeldung zur Nachklausur bis zum 06.04.2018 per E-Mail an

kerstin.gronow-p@bioinformatik.uni-saarland.de

 

Voraussetzungen:

Einfache Grundkenntnisse in Molekularbiologie (Protein- sowie DNA-Sequenzen und Proteinstrukturen). Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie "Bioinformatik I" oder "Bioinformatik II" sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als "Einführung in die Bioinformatik" dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte:

Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Analyse und Vergleich von Protein- und Genomsequenzen
  • Proteinmodellierung/-struktur
  • zelluläre Netzwerke

Die Studierenden lernen "interaktiv" im Bioinformatik-CIP-Pool: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Bioconductor, Virtual Cell und Cytoscape. Die Tools werden in Übungen vorgestellt.

Im Rahmen der Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte zugeteilt, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools in Teams bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren.

Voraussetzungen für den “Schein”:

Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4,0 erreicht wurde. Die Klausur findet n.V. gegen Semesterende statt. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten.

Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauf folgenden Semesters statt.

Leistungspunkte/Credits:

9 CP (2 V + 2 P)

Language

This course is taught in German language.

Vorlesungen:

1. Vorlesung, 19.10.2017 pdf ppt Projekte
2. Vorlesung, 26.10.2017  pdf ppt  
3. Vorlesung, 02.11.2017 pdf ppt sequences1.fasta
sequences2.fasta
4. Vorlesung, 09.11.2017 pdf  ppt Projekt 1:
Gruppeneinteilung
Sequenzen
16.11.2017- keine Vorlesung und Übung      
5. Vorlesung, 23.11.2017  pdf  ppt  
6. Vorlesung, 30.11.2017 pdf  ppt  
7. Vorlesung, 07.12.2017 pdf ppt  
8. Vorlesung, 14.12.2017 pdf ppt  
9. Vorlesung, 04.01.2018  pdf ppt  Tutorial 8: Task sheet and Data
10. Vorlesung, 11.01.2018 pdf  ppt  Tutorial 9:  Task sheet, Data1 and Data2 (zipped together)
11. Vorlesung, 18.01.2018 pdf  ppt  Tutorial 10: Task sheet
12. Vorlesung, 25.01.2018  pdf  ppt  
13. Vorlesung, 01.02.2018  pdf  ppt  Project 3
       Project 3 Abgabetermin 13.02.