Softwarewerkzeuge der Bioinformatik WS 21/22

Tutoren:

PD Dr. Michael Hutter, Markus Hollander, Andreas Denger, Marie Detzler, Velik Velikov

Vorlesungszeit:

Donnerstag, 10:15 Uhr – 11:45 Uhr, in Präsenz in E2 1, R. 001, Beginn: 21.10.2021

Übungen:

Donnerstag, 14:00 Uhr – 16:00 Uhr, finden voraussichtlich in E2 1, CIP-Pool 003 sowie online statt, Beginn: 21.10.2021

Nachklausur:

Die Nachklausur findet am Mittwoch d. 20. April 2022, von 14:00 Uhr bis 16:00 Uhr in E2 1, Raum  007 statt. Eine Anmeldung im LSF (Bioinformatiker und Biotechnologen/neue PO) oder per E-Mail an Kerstin Gronow-Pudelek (Biotechnologen/alte PO) bis zum 13.04.2022 ist verpflichtend für die Teilnahme an der Prüfung.

Die Noten der Nachklausur und Ihre Endnote finden Sie unter Ihrer jeweiligen Zufallszahl hier.

Klausur:

Sofern die Corona-Regelungen dies ermöglichen, wird zum Semesterende eine schriftliche Klausur angeboten. Studierende mit medizinischem Attest, dass sie nicht an Präsenzprüfungen teilnehmen können, können stattdessen eine mündliche Prüfung ablegen.

Die Klausur findet am Donnerstag, d. 17. Februar 2022, von 10:00 Uhr bis 12:00 Uhr in E2 1, Raum 003 (CIP-Pool) und 007 statt. Eine Anmeldung im LSF (Bioinformatiker) oder per E-Mail an Kerstin Gronow-Pudelek (alle anderen Studierenden) bis zum 10.02.2022 ist verpflichtend für die Teilnahme an der Prüfung.

Die Klausurnoten und die Endnoten finden Sie unter der auf Ihrer jeweiligen Klausur vorhandenen Zufallszahl hier.

Informationen:

Aus organisatorischen Gründen bitten wir um Anmeldung zur Vorlesung bis zum 14. Oktober 2021 per E-Mail an Kerstin Gronow-Pudelek.

Voraussetzungen:

Einfache Grundkenntnisse in Molekularbiologie (Protein- sowie DNA-Sequenzen und Proteinstrukturen). Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie “Bioinformatik I” oder “Bioinformatik II” sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als “Einführung in die Bioinformatik” dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte:

Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Analyse und Vergleich von Protein- und Genomsequenzen
  • Proteinmodellierung/-struktur
  • zelluläre Netzwerke

Die Studierenden lernen "interaktiv" im Tutorial: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Bioconductor  und Cytoscape. Die Tools werden in den Übungen vorgestellt.

Im Rahmen der Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte zugeteilt, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools in Teams bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren.

Voraussetzungen für den “Schein”:

Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4,0 erreicht wurde. Die Klausur findet n.V. gegen Semesterende statt. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten.

Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauf folgenden Semesters statt.

Leistungspunkte/Credits:

9 CP (2 V + 2 P)

Language

This course is taught in German language.

Vorlesungen:

Account: https://it.cs.uni-saarland.de/students/accounts

Übungsblätter / Projekte
1. Vorlesung, 21.10.2021 ppt pdf Blatt 1 (Deutsch, English)
2. Vorlesung, 28.10.2021 ppt pdf Blatt 2 (Deutsch, English)
3. Vorlesung, 04.11.2021 ppt pdf Blatt 3 (Deutsch, English)
sequences.fasta
4. Vorlesung, 11.11.2021 ppt pdf Blatt 4 (Deutsch, English)
alignment_matrix.tsv
Projekt 1 (Deutsch, English)
Projektanleitung (Deutsch, English)
Projektsequenzen
5. Vorlesung, 18.11.2021 ppt pdf Blatt 5 (Deutsch, English)
6. Vorlesung, 25.11.2021 ppt pdf Blatt 6 (Deutsch, English)
7. Vorlesung, 02.12.2021 ppt pdf Blatt 7 (Deutsch, English)
8. Vorlesung, 09.12.2021 ppt pdf Projekt 2 für Gruppe
1, 2, 3, 4, 5, 6, 7
Musterprojektbericht
9. Vorlesung, 16.12.2021 ppt pdf
10. Vorlesung, 06.01.2022 ppt pdf Blatt 8 (Deutsch, English)
11. Vorlesung, 13.01.2022 ppt pdf Blatt 9 (Deutsch, English)
12. Vorlesung, 20.01.2022 ppt pdf Blatt 10 (Deutsch, English)

Projekt 3 (Deutsch, English, Datasets)

13. Vorlesung, 27.01.2022 ppt pdf