Softwarewerkzeuge der Bioinformatik WS 16/17

Vorlesungszeit:

Donnerstag, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr, E2 1, Raum 007, Beginn: 27.10.16

Übungen:

Donnerstag, 14:00 Uhr - 16:00 Uhr, E2 1, CIP-Pool 003, Beginn: 27.10.16

Klausur:

Die Ergebnisse der Klausur vom 15.03.2017 finden Sie hier.

Die Endnoten nach der Klausur vom 15.03.2017 finden Sie hier.

Die Nachklausur findet statt am Mittwoch, 26.04.2017, um 14:00 Uhr in E2 1, Raum 007.

 

Voraussetzungen:

Einfache Grundkenntnisse in Molekularbiologie (Protein- sowie DNA-Sequenzen und Proteinstrukturen). Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie "Bioinformatik I" oder "Bioinformatik II" sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als "Einführung in die Bioinformatik" dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte:

Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Analyse und Vergleich von Protein- und Genomsequenzen
  • Proteinmodellierung/-struktur
  • zelluläre Netzwerke

Die Studierenden lernen "interaktiv" im Bioinformatik-CIP-Pool: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Bioconductor, Virtual Cell und Cytoscape. Die Tools werden in Übungen vorgestellt.

Im Rahmen der Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte zugeteilt, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools in Teams bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren.

Voraussetzungen für den “Schein”:

Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4,0 erreicht wurde. Die Klausur findet n.V. gegen Semesterende statt. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten.

Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauf folgenden Semesters statt.

Leistungspunkte/Credits:

9 CP (2 V + 2 P)

Language

This course is taught in German language.

Vorlesungen:

1. Vorlesung, 27.10.2016 pdf ppt Projekte
2. Vorlesung, 03.11.2016  pdf  ppt  
3. Vorlesung, 10.11.2016  pdf  ppt sequences1.fasta
sequences2.fasta
4. Vorlesung, 17.11.2016  pdf  ppt

 Projekt 1:

Gruppeneinteilung

Sequenzen

5. Vorlesung, 24.11.2016  pdf  ppt  
6. Vorlesung, 01.12.2016  pdf  ppt  
7. Vorlesung, 08.12.2016  pdf  ppt  
8. Vorlesung, 15.12.2016  pdf  ppt  
9. Vorlesung, 05.01.2017  pdf  ppt  Tutorial 8: Task sheet and Data
10. Vorlesung, 12.01.2017  pdf  ppt  Tutorial 9: Task sheet, galFiltered.sif
galExpData.mrna
11. Vorlesung, 19.01.2017  pdf ppt  Tutorial 10: Task sheet
12. Vorlesung, 26.01.2017  pdf  ppt  Project 3: Task sheet
13. Vorlesung, 02.02.2017  pdf  ppt  
14. Vorlesung, 09.02.2017      Project 3: Results
15. Vorlesung, 16.02.2017