Softwarewerkzeuge der Bioinformatik WS 12/13

Dozent: Prof. Dr. Volkhard Helms

Tutoren: PD Dr. Michael Hutter, Nadine Schaadt, Christian Spaniol

Vorlesung: Donnerstag, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr, E2 1, Raum 007

Übung: Donnerstag, 14:00 Uhr - 16:00 Uhr, E2 1, CIP-Pool 003

Vorlesungssprache ist Deutsch.

Unterrichtsmaterial: Vorlesungsskript der AG Helms.

Voraussetzungen: einfache Grundkenntnisse in Molekularbiologie (Protein- sowie DNA-Sequenzen und Proteinstrukturen). Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie "Bioinformatik I" oder "Bioinformatik II" sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als "Einführung in die Bioinformatik" dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte: Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Vergleich von Proteinsequenzen
  • Proteinmodellierung/struktur
  • zelluläre Netzwerke

Die Studierenden lernen "interaktiv" im Bioinformatik-CIP-Pool: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie  SRS, BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Virtual Cell und Cytoscape. Die Tools werden in Übungen vorgestellt.

Im Rahmen der Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte zugeteilt, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren.

Voraussetzungen für den Schein: Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4,0 erreicht wurde. Die Klausur findet n.V. gegen Semesterende statt. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten.

Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauffolgenden Semesters statt.

Klausurtermin: Freitag, 22. Februar 2013, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr, E2 1, Raum 007

Beispielklausur (aus WS11/12)

 
Termin der Nachklausur: Freitag, 19. April 2013, 14:15 Uhr - 16:15 Uhr, E2 1, Raum 007
 

Leistungspunkte/Credits: 9 CP (2 V + 2 P)

Vorlesungen:

1. Vorlesung, 18.10.12 pdf ppt Projekt
2. Vorlesung, 25.10.12 pdf ppt
3. Vorlesung, 08.11.12 pdf ppt sequences1, sequences2
4. Vorlesung, 15.11.12 pdf ppt
5. Vorlesung, 22.11.12 pdf ppt Projekt1 
6. Vorlesung, 29.11.12 pdf ppt
06.12.12 keine Vorlesung und Übung
7. Vorlesung, 13.12.12 pdf ppt
8. Vorlesung, 20.12.12 pdf ppt
9. Vorlesung, 10.12.13 pdf ppt  
10. Vorlesung, 17.01.13 pdf
11. Vorlesung, 24.01.13 pdf ppt
12. Vorlesung, 31.01.13 pdf ppt